Αν όμως θέλουμε, μπορούμε να κάνουμε τις ρυθμίσεις με το χέρι, ως εξής:

Στο σημείο αυτό θα πρέπει να δείτε το αρχείο manual_toc.html που βρίσκετε στον φάκελο docs του φακέλου εγκατάστασης (π.χ. c:\mysql\Docs\manual_toc.html) στην ενότητα 2.2.1 Installing MySQL on Windows

Ανοίγουμε ένα παράθυρο DOS 

Γράφουμε 
cd c:\mysql\bin   
και πατάμε ENTER

Γράφουμε 
mysqld --console  
και πατάμε ENTER

Αν πάρουμε σαν αποτέλεσμα κάποιο λάθος σαν αυτό της παρακάτω εικόνας, 

τότε ελέγχουμε αν υπάρχει το αρχείο my.ini στο φάκελο εγκατάστασης των Windows (π.χ. c:\windows\my.ini) και θα είναι της μορφής

Διαγράφουμε το αρχείο αυτό και ξαναδίνουμε την εντολή mysqld --console και πατάμε ENTER

Αν όλα πάνε καλά θα δούμε στο παράθυρο DOS τα παρακάτω μηνύματα:

Στο σημείο αυτό η mySQL δουλεύει αλλά σε μορφή debug.

πατάμε Ctrl+C για να την διακόψουμε και βλέπουμε τα παρακάτω:

Windows 98 ή Me

Για τα συστήματα Windows 98 ή Me για να ξεκινήσουμε την ΜySQL γράφουμε σε ένα παράθυρο DOS την εντολή

C:\> C:\mysql\bin\mysqld

και για να την σταματήσουμε 

C:\> C:\mysql\bin\mysqladmin -u root shutdown

Προτείνετε αν είναι είναι δυνατόν να μην την βάλετε σε Windows 98 ή Me αλλά σε Windows NT, 2000, ή XP

Windows NT, 2000, ή XP

Για τα συστήματα Windows NT, 2000, ή XP προτείνεται να εγκαταστήσουμε την MySQL σαν Windows service με την εντολή:

C:\> C:\mysql\bin\mysqld --install

Για να επεγκαταστήσουμε την mySQL σαν Windows service δίνουμε την εντολή:

C:\> C:\mysql\bin\mysqld --remove

Αν την έχουμε  έχουμε εγκαταστήσει επιτυχώς σαν Windows service τότε αν ανοίξουμε της Υπηρεσίες (Services) από την Έναρξη/Πίνακας Ελέγχου/Εργαλεία διαχείρισης/Υπηρεσίες θα δούμε την υπηρεσία MySQL αλλά να μην έχει ξεκινήσει.

Κάνουμε δεξί κλικ επάνω στην MySQL και επιλέγουμε Εκκίνηση

Σε λίγα δευτερόλεπτα η υπηρεσία θα ξεκινήσει.

Η MySQL έχει ξεκινήσει και είναι έτοιμη προς χρήση.